După "Indicatorul localităţilor din România", comuna are zece sate:
1. Fundu Moldovei - centru de comună
2. Colacu
3. Botuş
4. Braniştea
5. Obcina Ursului
6. Botuşel
7. Deluţ
8. Delniţa
9. Smida Ungurenilor
10. Plaiul lui Mustici

Fundu Moldovei apare pentru prima dată într-o hartă redactată de F. G. Bawr în Carte de la Moldavie pour servir a l'Historie militaire de la guerre entre les Russes et les Turcs, publicată la Amsterdam în 1783, ridicată între 1768 - 1774, înainte de ocuparea Bucovinei de către austrieci, sub numele de Moldavie Fundul. În hârtiile făcute pentru Bucovina în 1843, apare Ober - Fundul Moldawi - Fundul Moldovei de Sus şi Unter - Fundul Moldawi - Fundul Moldovei de Jos. Sub diferite variante, apare în lucrările diferiţilor istorici şi guvernatori militari: Fundo Moldava, Fundo Moldawa, Fundul Moldavii, Fundul Moldowi, Fundul Moldwi, Fundulmoldwi, Moldavi Fundul, Moldawa, Moldowi Fundul.

Colacu, la origine a fost un cătun al satului Fundu Moldovei, semnalat în documentele istorice întâia oară de Teodor Bălan în Documente câmpulungene. În dicţionare, etimonul colac provine din limba bulgară, semnificând un produs de panificaţie în formă de inel, împletit din două sau trei suluri de cocă. Poate avea şi sensul de răsplată obligatorie pe care o dădea proprietarul celui care îi ducea vite sau obiecte pierdute. De asemenea, ar putea avea şi sensul de obiect de formă inelară (ghizd la o fântână). Întrucât apa Moldovei face un ocol mare, înconjurând "dâmbul" care face legătura între Fundu Moldovei de Sus şi "cela popor" , ridicând şoseaua cu 35 m, locul s-a numit Cârligătura, alcătuind un cătun ce înconjoară Dâmbul Colacului.

Hotarul oficial al satului Colacu se întinde de la Pârâul Tonigăreştilor până la Cârligătură inclusiv. Concluzia noastră este că din punct de vedere etimologic, numele satului provine de la Dâmbul Colacului, în jurul căruia s-a format cătunul de formă inelară, Cârligătura, denumirea extinzându-se apoi asupra întregului sat Colacu.

Botuş este un sat aparţinând de moşia Fundu Moldovei. Este un toponim al cărei familii cuprinde forme numeroase (Botoş, Botăş, Botuşul Mare - denumiri înregistrate în harta austriacă din 1773 - 1774 şi în Dicţionarul Bucovinei din 1908 şi hărţile actuale - Botaşel, Botaşan, Botuşan, Botoşana, Botoşanii, Botoşani, Botăşenii, Botuşeniţa. Etimologic, un cercetător al Institutului de istorie "Alexandru Xenopol" din Iaşi, ne semnalează faptul că boieroaica Maria Cănănău a fost căsătorită cu jitnicerul Botiş din Dorohoi şi că moşia dăruită de Grigore Calimah voievod cu mai mulţi munţi din ţinutul Câmpulungului Moldovenesc includea şi muntele Botăş, care s-a numit aşa după numele soţului ei. O altă variantă etimologică ar fi aceea că în anumite localităţi ale Ţării Dornelor se purtau opinci din piele de viţel, nedubite şi fără gurgui, rotunde în vârf şi care se numeau botuşi. Satul Botuş din comuna Iacobeni şi-a luat denumirea de la acest tip de opinci, care provocau mare haz la vederea lor prin alte localităţi. Profesorul Ionel Dârdală, ţinând conferinţe în sala Căminului cultural Botuş a prezentat alte etimologii, cum ar fi: satul de după botul dealului (dâmbul Colacului), oamenii din acest sat umblau încălţaţi în botoşei (încălţăminte care era purtată în Moldova) sau că erau "botoşi" (răi de gură, certăreţi).

Cercetătorul Ioan Iosep dedică acestui subiect o lucrare în care menţionează că: "Într-o regiune cum este cea a Obcinilor, în care creşterea oilor are vechi tradiţii, inclusiv sub forma transhumanţei, originea toponimului ar trebui pusă, după părerea noastră, în legătură cu creşterea oilor aşa - zise botoşe, botoaşe sau botoşele, sistem asociat transhumanţei (estivaj, butuşie) şi care coexistă în mod necesar cu aceasta. El presupunea scoaterea, din turma care pleca în transhumanţă, a oilor mai bătrâne sau sterpe şi a berbecilor care prisoseau, alcătuindu-se turme mai mici... În concluzie, toponimele Botoş - Botuş, la origine nume de păşuni şi de munţi pe care păşteau oile botoaşe, a trecut ulterior la ape şi la aşezări. Sistemul pastoral respectiv trebuie să fi fost de mult părăsit, probabil o dată cu dispariţia transhumanţei; numai aşa se explică de ce numele comun "botoş" a fost uitat, ca de altfel şi însăşi amintirea transhumanţei".

După Marea Unire din 1918, satul apare înglobat comunei Fundu Moldovei, conform Decretului 10.972/1925, iar în 1954, devine comună, pierzând cătunele Pârâul Negrii şi Valea Stânii care trec la comunele Breaza, respectiv Cârlibaba.

Braniştea reprezintă alt sat aparţinător comunei Fundu Moldovei, desprins din satul Botuş, conform împărţirii administrativ - teritoriale a R.P.R. din anul 1956 şi revenit comunei după 1968. În această perioadă a aparţinut ca sat dependent de comuna Botuş. La începutul secolului al XX-lea i se spunea Botuş - Branişte, iar oamenii din centrul comunei îi spuneau "cela popor", probabil un popor neamestecat cu germani şi evrei. Prin noţiunea de "popor" se înţelegea un loc în care trăia un alt fel de locuitori. Etimologic, semnifica o pădure sau parte de pădure în care e interzisă tăierea lemnelor, pădure bătrână de peste 25 de ani sau moşie domnească.

Obcina Ursului este un sat ce aparţine de comuna Fundu Moldovei, având aceeaşi situaţie ca şi precedentele. Obcina desemnează o formă de proprietate în devălmăşie sau o formă de relief sub aspect de culmi muntoase prelungite, cu înălţime de 1000 - 1500 m pe care se ridică din loc în loc vârfuri nu prea înalte şi pe care se poate umbla cu carul. Este o zonă unde hălăduiesc urşi.

Botuşel apare trecut în Tezaurul Toponimic al României. Moldova sub forma Botuşelul, iar la ancheta etnolingvistică efectuată în 1969 se consemnează forma Botoşelul. Are aceeaşi situaţie ca celelalte sate desprinse din comuna Botuş. Pârâul Botuşel desparte satul Obcina Ursului de satul Botuşel.

Deluţ este un cuvânt care semnifică diminutivul unui deal. Este trecut în Tezaurul Toponimic al României. Moldova sub forma Deluţul, sat aparţinând comunei Fundu Moldovei şi integrat comunei Botuş după 1956. Se mărgineşte cu culmea Botuşului Mare şi pâraiele Orata şi Botuşel.

Delniţa are aceeaşi situaţie ca şi satul Deluţ, mărginându-se cu comuna Iacobeni, satul Smida Ungurenilor, pârâul Orata şi satul Botuş. Etimologic, delniţa în evul mediu reprezenta partea moşiei satului care se afla în stăpânirea ereditară a unei familii de ţărani ce locuiau în satul respectiv; ea era o formă de stăpânire specifică obştii. De asemenea, poate însemna şi o parte dintr-o anumită subîmpărţire structurală a pământului (exemplu: "Patru delniţe de fânaţ").

Smida Ungurenilor, împreună cu Plaiul lui Mustici reprezintă cele mai mici sate ale comunei. Se află în partea sudică a comunei, mărginându-se cu pârâul Delniţa, vârful Colacului, apa Moldovei şi Cârligătura. Smida semnifică un teren pe care se află un desiş de arbori tineri sau de arbuşti cu spini, ori cu zmeuriş. Se numeşte Smida Ungurenilor întrucât acolo s-au stabilit, în secolul al XVII-lea mai mulţi băjenari ardeleni (ungureni). Antroponimul Ungureanu este frecvent şi în zilele noastre.

Plaiul lui Mustici are următoarea legendă: Se spune că în acele locuri trăia un haiduc cu numele Mustici. Pentru a putea trece prin acele locuri stăpânite de păduri bătrâne, el a făcut o cărare prin pădure care, de atunci, s-a numit drumul sau plaiul lui Mustici. Plaiul lui Mustici este unul din satele aparţinătoare comunei Fundu Moldovei şi are aceeaşi evoluţie ca şi satul Braniştea. Se află în nordul comunei, la hotar cu comuna Breaza, delimitat de apa Moldovei, pârâul Plai şi pârâul Gârbe. Din punct de vedere etimologic, semnifică o regiune de munte sau de deal aproape plană, acoperită cu păşuni, sau drum pe coasta unui munte sau pe un munte; potecă. Provine de la cuvântul latinesc plagius.